La controversia se suscita al entender la Comisión de las Comunidades Europeas que la normativa española, en los artículos 102, primer apartado y 104. 2. 2º , párrafo segundo de la Ley del IVA no es acorde a lo dispuesto en los artículos 17, apartados 2 y 5, y 19 de la Sexta Directiva. En resumen, en la norma de nuestro país (introducida para 1998 por la Ley 66/1997) se determina la aplicación de la regla de prorrata a los sujetos pasivos que efectúan sólo operaciones gravadas si perciben subvenciones no vinculadas al precio y, asimismo, se limita el derecho a deducir las cuotas soportadas en la adquisición de bienes y servicios si se han obtenido subvenciones para financiarlos.

Ante las alegaciones del Reino de España en el sentido de interpretar que la Sexta Directiva, al dar la facultad a los Estados miembros de incluir las subvenciones en el denominador de la prorrata, estaría posibilitando la aplicación de esta regla a los sujetos pasivos «totales´´ (tienen derecho a la deducción de la totalidad de las cuotas soportadas) y de que esta medida restablecería el equilibrio en materia de competencia, el Tribunal considera que «los Estados miembros están obligados a aplicar la Sexta Directiva aunque la consideren mejorable´´. Según el órgano jurisdiccional, la Directiva, cuando permite que los Estados incluyan las subvenciones en el denominador de la prorrata estaría abriendo una posibilidad aplicable sólo para los sujetos pasivos «mixtos´´ (los que ya aplican la prorrata por realizar operaciones con derecho a deducción y sin él).

En lo referente a la norma especial del artículo 104 que limita la deducción de cuotas cuando se percibe una subvención para la adquisición de un bien o servicio concreto, simplemente se constata en la sentencia que ese criterio no está autorizado en ningún precepto de la Directiva.

Por otra parte, respecto a la solicitud del Gobierno español de que se limitase temporalmente el efecto de la sentencia por la actuación de buena fe y por los trastornos que podría causar una sentencia en contra de sus intereses, el Tribunal recuerda que para ello sería necesario acreditar que la conducta contraria a Derecho se produce por una incertidumbre objetiva e importante en cuanto al alcance de las disposiciones comunitarias. Como considera que este no es el caso, y aplicando el principio de seguridad jurídica, resuelve que no se deben limitar los efectos de la sentencia.

Consecuencias

1.- El Estado español tendrá que modificar la norma interna para adaptarla a la comunitaria.

2.- Esta sentencia determinará que los órganos administrativos y los Tribunales jurisdiccionales resuelvan a favor de los sujetos pasivos con liquidaciones por estos conceptos que no hayan adquirido firmeza.

3.- Los sujetos pasivos que hayan visto limitado su derecho a deducción en períodos no prescritos (no hayan transcurrido 4 años desde la finalización del período voluntario de ingreso, trimestral o mensual), podrán instar la rectificación de las autoliquidaciones y, si procede, solicitar la devolución de ingresos indebidos por el procedimiento de los artículos 14 a 20 del Reglamento de revisión en vía administrativa aprobado por Real Decreto 520/2005, de 13 de mayo.

4.- Los sujetos pasivos que soliciten la rectificación de las autoliquidaciones afectadas por la norma deberían tener en cuenta que con ello estarán interrumpiendo el período de prescripción, con lo que el cómputo de la misma volverá a empezar.

5.-  El sujeto pasivo al que se le reconozca el derecho a la devolución de ingresos indebidos tendrá que tener esos importes en cuenta para cuantificar la base imponible del impuesto sobre sociedades o, en su caso,  en el de la renta de no residentes y para la determinación del rendimiento neto de la actividad en el Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas.

Información facilitada por el Servicio de Estudios del REAF, Registro de Economistas Asesores Fiscales